Міхал Клеафас Агінскі нарадзіўся 25 верасня 1765 г. у маёнтку Гузаў каля Варшавы. Пры хрышчэнні яму нададзены імёны Клеафас, Міхал, Францішак, Фелікс, Антоні, Ігнацы, Юзаф, Тадэвуш. У Гузаве прайшлі дзяцінства і юнацтва М. К. Агінскага. Калі яму было сем гадоў, бацьку прызначылі надзвычайным паслом Рэчы Паспалітай і сям’я пераехала ў Вену. Аднак ужо праз год маці разам з сынам вярнулася ў Гузаў, і з гэтага часу пачалося яго сістэматычнае навучанне. Сям’я належала да вышэйшых арыстакратычных колаў, таму з першых гадоў жыцця Міхал Клеафас далучаўся да інтэлектуальных і мастацкіх каштоўнасцей, у тым ліку музыкі. Бацькі нанялі яму аднаго з лепшых гувернёраў Еўропы француза Ж. Ралея, які павінен быў даць свайму выхаванцу бліскучую хатнюю адукацыю на ўзроўні еўрапейскіх двароў. Міхал Клеафас вывучаў старажытную гісторыю і гісторыю Новага часу, лацінскую, французскую, нямецкую і польскую мовы і літаратуру, палітэканомію, грамадзянскае права, геаграфію, батаніку, матэматыку, геаметрыю, каліграфію, нумізматыку, танцы. Гувернёр сур’ёзна займаўся фізічным выхаваннем свайго вучня. Міхал Клеафас у 16 гадоў ужо меў цудоўныя манеры паводзін. Настаўнік навучыў яго рабіць выпіскі і даваць абгрунтаваны аналіз прачытаных кніг, прымушаў чытаць разнастайных аўтараў на мове арыгінала. Былі ў Міхала Клеафаса і іншыя настаўнікі. Вялікую ўвагу Агінскія надавалі музыцы, што было стылем прыдворнага і магнацкага жыцця. Для заняткаў музыкай быў запрошаны тады яшчэ малады выхадзец з Беларусі, а ў будучым славуты кампазітар В. Казлоўскі, які навучаў ігры на фартэпіяна і скрыпцы, а таксама тэорыі, гісторыі музыкі і кампазіцыі. Міхал Клеафас часта наведваў у Слоніме рэзідэнцыю свайго сваяка Міхала Казіміра Агінскага. Горад у той час з’яўляўся адным з самых буйных культурных цэнтраў Рэчы Паспалітай. Пры палацы існавалі тэатр з балетнай трупай, музычная капэла. Ставіліся оперы і балеты, выконваліся аркестравыя і камерныя творы. Знаёмства з музычным жыццём Слоніма ўзмацніла схільнасць Міхала Клеафаса да музыкі. На творчае станаўленне кампазітара-аматара паўплывалі музычныя ўражанні, атрыманыя ў гады вандраванняў па культурных сталіцах свету. Ён пабываў у многіх краінах Еўропы, дзе ў першую чаргу знаёміўся з музычным жыццём. Асабіста ведаў Ф. Гайдна і В. Моцарта, браў урокі ў славутых выканаўцаў – Д. Жарновіка, П. Баё, Ш. Лафона, Д. Віёці, Б. Кампанелі, слухаў Н. Паганіні, Ф. Ціца, Л. Кардона, Э. Ванжуру і іншых віртуозаў.
Бацька М. К. Агінскага не ў музыцы бачыў прызначэнне сына. Міхал Клеафас мог выбраць у жыцці любы род дзейнасці, але вырашыў заняцца палітыкай. Яму не было і 20 гадоў, калі стаў дэпутатам сойма. Ён з’яўляўся дэпутатам Чатырохгадовага сойма (1788–1792). Таксама быў дэпутатам Гродзенскага сойма. У 1793–1794 гг. ва ўзросце 28 гадоў займаў пасаду падскарбія вялікага літоўскага. Да сваіх абавязкаў малады граф ставіўся вельмі адказна. За кароткі час здолеў праверыць усе мытныя пасты на мяжы Літвы з Расіяй і выявіць шмат злоўжыванняў. Міхал Клеафас Агінскі прымаў удзел у паўстанні 1794 г. пад кіраўніцтвам Т. Касцюшкі. Палітычны лёс Агінскага-змагара склаўся трагічна: пасля падаўлення паўстання пачаўся васьмігадовы шлях эмігранта-выгнанніка. Ён перабраўся ў Вену, дзе ў той час жыла яго жонка Ізабэла Лясоцкая (у 1789 г. уступіў у шлюб). Пазней сям’я пераехала ў Венецыю. Тут граф атрымаў ліст ад А. Суворава, у якім той прапаноўваў М. К. Агінскаму вярнуцца на радзіму. Сваёй адмовай добраахвотна прыгаварыў сябе да шматгадовай эміграцыі. Яго жонка вярнулася ў маёнтак бацькі пад Варшавай. Туды ў 1798 г. пераехаў і М. К. Агінскі. У яго нарадзіліся два сыны: Тадэвуш Францішак і Францыск Ксаверый. У канцы 1801 г. прыехаў у Расію, каб вярнуць сабе страчаныя ў Літве і Беларусі маёнткі. Ізабела Агінская з дзецьмі засталася ў Польшчы і ў 1802 г. атрымала паведамленне пра скасаванне іх шлюбу. У гэтым жа годзе ў Вільні М. К. Агінскі ўзяў другі раз шлюб з італьянкай Марыяй Нэры Нагурскай. Для пастаяннага жыхарства сям’я выбрала маёнтак Залессе каля Смаргоні, адну з рэзідэнцый Францішка Ксаверыя Агінскага, роднага дзядзькі. Міхал Клеафас стаў кіраўніком маёнтка, а ў 1814 г. пасля смерці сваяка атрымаў яго ў спадчыну. З надзеяй на лепшую будучыню М. К. Агінскі пачаў новы этап жыцця: аднавіў занядбалую дзядзькаву гаспадарку. Залессе стала любімым месцам жыхарства графа, нягледзячы на тое, што ён у той час быў буйным магнатам: яму належалі дзясяткі маёнткаў, у тым ліку Ракаў, Іўе, Бялынічы, Гаўя. Тут Міхал Клеафас пражыў з інтэрваламі каля 20 гадоў. Нарадзіліся пяцёра дзяцей: дочкі Амелія, Зоф’я, Эма, Іда і сын Ірэнеўш.
Міхал Клеафас Агінскі займаўся актыўнай грамадскай дзейнасцю. Яго выбралі ганаровым членам Віленскага ўніверсітэта, дзе граф прымаў удзел у пасяджэннях навуковай рады і папаўняў універсітэцкія калекцыі. З’яўляўся і прэзідэнтам Віленскага тапаграфічнага таварыства, на рахункі якога пералічваў значныя грашовыя сродкі, атрыманыя ад продажу зборнікаў сваіх музычных твораў. Творчасць М. К. Агінскага атаясамліваецца з яго славутым паланэзам “Развітанне з Радзімай”, а між тым на сённяшні дзень вядома 20 яго паланэзаў, 4 маршы, 4 вальсы, 3 мазуркі, галоп, менуэт, шматлікія рамансы, опера “Зеліда і Валькур, або Банапарт у Каіры”, напісаная на ўласнае лібрэта. У апошнія гады жыцця ў Залессі М. К. Агінскі інтэнсіўна працаваў над “Мемуарамі пра Польшчу і палякаў з 1788 да 1815 г.” (4 т.), у якіх неаднаразова падкрэсліваў сваё ліцвінскае паходжанне. Яны выйшлі на французскай мове ў Парыжы ў 1826–1827 гг., у 1870–1873 гг. былі перакладзены на польскую мову.
У 1822 г. М. К. Агінскі з сям’ёй пакінуў Беларусь назаўсёды і выехаў у Італію. Пачаўся заключны, фларэнтыйскі, этап жыцця кампазітара. Цяпер яго галоўнай справай стала літаратурная і музычна-рэдактарская дзейнасць. Памёр кампазітар 15 кастрычніка 1833 г., быў пахаваны на кляштарных могілках пры храме Санта Марыя Навела, пазней перапахаваны ў пантэон Санта Крочэ. У красавіку 1996 г. у Фларэнцыі, на доме, дзе жыў М. К. Агінскі, устаноўлена мемарыяльная дошка (скульптар В. Янушкевіч).
